自2008年以来，我校与港澳台高校交流稳步发展。已与香港中文大学、台湾大学、中兴大学、嘉义大学、宜兰大学、屏东科技大学、逢甲大学等7所高校签署了学术交流合作协议，与台湾大学、中兴大学、宜兰大学、逢甲大学签署了学生交换协议。与各高校的校级互访、学者互访、学生交流、合作科研、学术研讨等各类活动频繁，实质性合作交流深入发展。2012年6月，与香港中文大学续签了学术交流合作协议。

我校与 香港中文大学（链接）合作，在科技部等部门的支持下，2008年成立农业生物技术国家重点实验室（香港中文大学），作为我校农业生物技术国家重点实验室的伙伴实验室合作运行，两校学者在分子生物技术、水稻产量提升、水稻营养成分改良及作物抗逆性等方面加强合作，开发新技术，培养高素质科研人才。双方共享科研资源、定期举办学术研讨会、共同承担国家重点研究课题，充分发挥了香港和内地各自优势，促进了两地科技人员的交流、科研工作的互动，以及科学探索的成果，成为内地和香港高校合作的成功范例。

自2014起连续举办两届教育部-“香港与内地高等学校师生交流计划项目”并连续三年派硕博生参加香港中文大学内地及台湾学生暑期研究体验计划项目。

我校与 台湾中兴大学（链接）、香港中文大学于2006年共同发起“两岸三地食品营养、安全与人类健康研讨会暨博士生论坛”，并于2006年9月在我校召开第一届论坛，之后相继在香港中文大学、中国农业大学、台湾中兴大学、江苏大学、香港中文大学举办，已经连续举办了6届。第7届论坛2013年8月在我校举行。每届参加人数接近200人，参加单位涉及祖国大陆、台湾和香港的数十家大专院校，台湾和香港参加会议的博士研究生人数越来越多，其影响力越来越大，已成为两岸三地食品科学领域青年学者、特别是博士研究生学术交流的主要平台之一。

我校信息与电气工程学院与台湾逢甲大学地理资讯研究中心的学术交流合作近20年，于2006年签署了院级学术合作协议。20年来，双方多次进行学术互访、讲学，联合召开学术研讨会，每年都有教师和研究生到对方学校交换学习。2010年合作扩展到校级，两校签署了校级学术交流协议和学生交换协议，自2011年起开展学生交换。由我校严泰来教授、中国科学院赵忠明研究员与逢甲大学周天颖教授共同撰写的专著《空间信息（资讯）技术理论及其应用》，在海峡两岸分别以中文简体和繁体两种版本出版，海峡交流基金会前董事长江丙坤和海峡两岸关系协会前会长陈云林分别题写了序言。