中国农业大学研究生院是1984年8月由国务院首批批准试办的22所研究生院之一，1996年由原国家教委批准设立，正式挂牌。现任研究生院院长由校长柯炳生教授兼任，常务副院长为李健强教授。研究生院与党委研究生部合署办公，下设综合办公室、管理处、招生办公室、培养处、学位办公室五个处室。

学校现有20个博士学位授权一级学科，95个博士学位授权点，29个硕士学位授权一级学科，144个硕士学位授权点，9个专业学位类型，33个专业学位领域。学校现有6个国家重点一级学科，6个国家重点二级学科，1个国家重点培育学科，10个北京市重点学科。其中植物保护、作物学、畜牧学、兽医学、农业资源与环境、农业工程6个一级学科在近年的一级学科整体水平评估中排名全国第一，已经形成了包括硕士、博士和专业学位教育的较完善的研究生教育教学与管理体系，并且对全国农科研究生教育事业的发展起到了示范作用。目前，在学各类研究生约10000人，其中全日制在校研究生约8000人。

为了适应客观情况发展的需要和研究生教育的发展规律，提高培养质量，更好地满足社会发展对高层次人才培养的需要，学校于2012年启动新一轮研究生教育改革，改革的总体目标和思路是：围绕我校建设世界一流的农业大学，成为国际知名、有特色高水平的研究型大学的发展目标，树立科学的质量观，明确硕士研究生教育以培养应用型人才为主，强化实践能力的训练；博士研究生教育以培养学术型人才为主，突出创新能力的培养。通过调整学制、修订培养方案、改革招生制度和导师任职制度、强化培养过程管理、加强质量保障体系建设和完善奖助制度等措施，全面提高我校研究生教育质量，更好地满足社会对高层次人才的需求。